|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Hávová, Mariana ; Babula, Petr (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Změny v počtu a ve struktuře chromozomů jsou příčinou řady vážných onemocnění. K odhalení chromozomálních změn slouží cytogenetická vyšetření, která nejčastěji vedou k sestavení karyotypu. Pro účely cytogenetických analýz se chromozomy vizualizují pomocí vhodných metod a nejčastěji se následně sestavují do karyotypu. Protože ruční stanovení karyotypu je časově i finančně náročné, vyvíjí se přístupy k automatickému karyotypování pomocí počítačového softwaru. Automatické karyotypovací systémy klasifikují chromozomy do tříd na základě identifikačních znaků, specifických pro každý chromozom. Automatickou klasifikaci však nejvíce limituje přítomnost překrývající se a silně ohnutých chromozomů, přítomných v téměř každé mitóze. Přesnost a spolehlivost karyotypovacích systémů stále závisí na zásahu uživatele. Cílem vývoje nových přístupů k automatickému karyotypování je tedy zejména překonání výše zmíněných problémů a dále vývoj takových klasifikačních metod, které umožňí klasifikaci chromozomů do párů bez lidské kontroly.
|
|
|
Karyotypová evoluce u vybraných čeledí entelegynních pavouků
Kotz, Matěj ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Nguyen, Petr (oponent)
Araneoidea je nadčeledí entelegynních pavouků s obrovskou druhovou diverzitou. Celá nadčeleď je však velmi konzervativní, co se pozorovaného karyotypu týče. Pravděpodobně ancestrálním stavem celé skupiny je v případě samců 24 akrocentrických chromozomů s chromozomovým systémem určení pohlaví X1X20. Cílem této práce bylo zmapovat karyotypovou diverzitu dvou čeledí - Araneidae a Mimetidae. Většina studovaných druhů odpovídá svým karyotypem ancestrálnímu stavu. V rámci těchto čeledí bylo však u některých zástupců pozorováno skokové zvýšení počtu chromozomů, u Araneidae až 2n♂ = 52, v případě Mimetidae až na 2n♂ = 57. Což představuje vůbec nejvyšší pozorovaný počet u Entelegynae. Zvýšené 2n je doprovázeno i zvyšováním počtu pohlavních chromozomů, vedoucí až k X1X2X3X40 u Araneidae, respektive k X1X2X3X4X5X6X70 u Mimetidae. Jako možný mechanismus zvyšování počtu chromozomů navrhuji polyploidii. Tato hypotéza je v práci testována pomocí měření velikosti genomu za použití průtokové cytometrie a fluorescenční in situ hybridizace se sondami pro 18S rRNA a 5S rRNA geny. Pro jeden druh byla optimalizována sonda také pro U2 snRNA gen. U velké části studovaných druhů byly tyto techniky použity vůbec poprvé. V případě čeledi Mimetidae se podařilo odhalit zatím největší genomy v rámci Entelegynae. Všechny...
|
|
|
Karyotypová evoluce u astrildovitých pěvců rodu Lonchura
Janáková, Šárka ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Augstenová, Barbora (oponent)
Karyotyp, čili soubor všech chromosomů v buňce, je důležitou charakteristikou jednotlivých druhů jak živočichů, tak rostlin. Karyotyp ptáků je typický svou stabilitou co do počtu chromozomů i jejich velikosti a přestavby mezi různými chromozomy jsou vzácné. Změny, které se mezi karyotypy ptačích druhů projevují, jsou častěji intrachromozomální, jako například inverze či duplikace a delece. Stále není jasné, jak často se takové změny vyskytují mezi blízce příbuznými druhy a zda mohou přispět ke speciaci. Tato práce si klade za cíl srovnání karyotypů celkem pěti druhů pěvců rodu Lonchura (panenka), které jsou si blízce příbuzné, a srovnávání chromozomálních změn tak umožňuje pozorovat změny, které by mohly ke speciaci přispívat. Studie je založena na analýze karyotypu metodou imunofluorescenčního barvení synapsovaných pachytenních chromozomů a následného určení a srovnání typů chromozomů. Tato metoda umožnuje dobře určit změny, kterými se projevují pericentrické inverze, kdy dochází ke změně pozice centromery. Výsledky potvrzují všeobecnou představu o ptačích karyotypech jakožto velmi konzervativních co se týká počtu chromozomů a jejich velikosti. Nicméně, u některých chromozomů se mezi zkoumanými druhy lišila pozice centromery, což by mohlo být způsobeno pericentrickými inverzemi. U čtyř z pěti...
|
|
|
Mechanisms of reproductive isolation between two hybridizing passerine species, the common nightingale and the thrush nightingale
Poignet, Manon ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent) ; Kratochvíl, Lukáš (oponent)
v - ABSTRACT (in Czech) - Stěžejním krokem při vzniku nových druhů je evoluce reprodukčně izolačních mechanismů oddělujících genofondy nově vznikajících druhů. O molekulární, fyziologické a genetické podstatě reprodukční izolace víme i přes rostoucí počet studií stále málo. Na příkladu dvou přirozeně hybridizujících druhů pěvců, slavíka obecného (Luscinia megarhynchos) a slavíka tmavého (L. luscinia), jsme zkoumali různé mechanismy reprodukční izolace se zaměřením na postkopulační prezygotické a postzygotické izolační mechanismy. Tyto dva druhy slavíků se oddělily před ~1,8 miliony lety a v současnosti se kříží v sekundární kontaktní zóně probíhající napříč střední a východní Evropou. V rámci této dizertační práce jsme analyzovali genetické složení sekundární kontaktní zóny a ukázali, že v hybridní zóně jsou dominantní rodičovské formy, zatímco F1 hybridů (3,4 %) a časných zpětných kříženců (3,1 %) se zde vyskytuje málo a F2 hybridi úplně chybí. To naznačuje silnou, ale neúplnou reprodukční izolaci. F1 hybridní jedinci byli čtyřikrát častější z jednoho směru křížení než z druhého, což indikuje asymetrickou hybridizaci. Dále jsme ukázali velké mezidruhové rozdíly v morfologii spermií. Spermie slavíka obecného měly delší a širší střední část a bičík, zatímco spermie slavíka tmavého měly větší akrozom. Tyto...
|
|
|
Evoluce karyotypu a pohlavních chromozomů u afrických a amerických skupin theraphosidních sklípkanů
Turečková, Eva ; Forman, Martin (vedoucí práce) ; Šťáhlavský, František (oponent)
Sklípkani čeledi Theraphosidae jsou známou skupinou pavouků a často chovanými domácími mazlíčky. Navzdory jejich popularitě je mnoho aspektů jejich biologie, včetně cytogenetického výzkumu stále opomíjeno. Tato diplomová práce se zabývá cytogenetikou 13 druhů čeledi Theraphosidae, náležících do odlišných rodů, původem z Afriky a Jižní a Střední Ameriky. Data v mé diplomové práci zahrnují také sklípkana s nejlépe osekvenovaným genomem Acanthoscurria geniculata, a Theraphosa stirmi, patřícího mezi největší pavouka světa. Mimo konvenčního barvení, byla studována distribuce organizátorů jadérka (NOR) pomocí fluorescenční in situ hybridizace se sondou pro 18S rRNA gen. Zjištěné diploidní počty chromozomů se u vybraných zástupců čeledi Theraphosidae pohybovaly od 31 (Ceratogyrus meridionalis) do 83 (T. stirmi). U některých druhů přítomnost multivalentu indikovala možné křížení s odlišnými rasami nebo kryptickými druhy. Byly zjištěny různé systémy diferencovaných pohlavních chromozomů (X0, X1X20 a X1X2X30). Je pozoruhodné, že karyotypová diverzita nebyla vázána na počet lokusů NOR. Většina druhů čeledi Theraphosidae se vyznačuje jedním výrazným lokusem umístěným na autozomech. Dva druhy (Heteroscodra maculata a Pterinochilus murinus) vykazovaly polymorfismus v přítomnosti druhého menšího signálu 18S rDNA...
|
|
|
Evolution of karyotypes and sex determination in the turtle family Geoemydidae
Clemente, Lorenzo ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Montiel Jimenez, Eugenia Elisabet (oponent) ; Castiglia, Riccardo (oponent)
(ČESKY) Většina studovaných želv vykazuje teplotní určení pohlaví, genotypové určení pohlaví (tj. přítomnost pohlavních chromozomů) bylo zjištěno u této skupiny relativně vzácně. Cílem této práce bylo prozkoumat a rozšířit naše znalosti o evoluci karyotypu a determinaci pohlaví u želv, zejména se zaměřením na čeleď Geoemydidae, čeleď želv s dříve doloženou variabilitou systémů určení pohlaví. Přítomnost pohlavních chromozomů byla zkoumána kombinací konvenčních a molekulárně- cytogenetických technik. Vedle analýzy karyotypu byla zkoumána distribuce konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování) a repetitivních elementů, pohlůavní rozdíly pak pomocí komparativní genomové hybridizace (FISH, CGH). Celkem bylo cytogeneticky vyšetřeno 49 druhů želv z devíti čeledí. U čeledi Geoemydidae byla zjištěna pozoruhodná podobnost karyotypů, které se skládají z 2n=52 chromozomů (což je předpokládaný ancestrální diploidní počet chromozomů pro všechny želvy) a podobné topologie lokusů rDNA a telomerních repetic. Sharma et al. (1975) popsali ZZ/ZW pohlavní chromozomy u druhu Pangshura smithii. V analýze předložené v této práci dokládáme potenciálně chybnou identifikaci těchto pohlavních chromozomů v důsledku chybného párování chromozomů při rekonstrukci karyotypu. Navíc heteromorfní pohlavní chromozomy nebyly...
|
|
|
Cytogenetika štěnic (Cimicidae) jako modelových ploštic (Insecta: Heteroptera)
Sadílek, David ; Vilímová, Jitka (vedoucí práce) ; Johnson Pokorná, Martina (oponent)
Cytogenetika štěnic (Cimicidae) jako modelových ploštic (Insecta: Heteroptera) V práci je uveden recentní názor na fylogenezi štěnic, čeleď Cimicidae a její klasifikaci v rámci řádu Heteroptera, stručně jsou shrnuty cytogenetické poznatky o řádu Heteroptera, známé karyotypy zástupců jednotlivých podčeledí v rámci čeledi Cimicidae a úvod do cytogenetické problematiky druhu Cimex lectularius Linnaeus, 1758. Chromosomy zástupců řádu Heteroptera se liší od většiny ostatních organismů svojí holokineticku povahou, kde se relativně často odehrává fragmentace či fůze chromosomů. U několika čeledí se zde vyskytuje menší pár m chromosomů, který se chová při meiose jinak než ostatní chromosomy. Diploidní počet chromosomů je výrazně variabilní, v rozsahu od čtyř (čeleď Belostomatidae) do 80 (čeleď Miridae). Zvláštní je chování chromosomů zejména u zástupců čeledi Cimicidae, kde se při achiasmatické postredukční meiose gonosomální univalenty spojují jen niťovitými "collochory" a tvoří takzvané pseudobivalenty. U druhu Cimex lectularius se vyskytuje vzácný polymorfismus v počtu X chromosomů. Diploidní karyotyp je tvořen vždy 26 autosomy, minimálně dvěmi, ale až 15 X chromosomy a jedním Y chromosomem. Variabilita v počtu zmnožených X chromosomů se může vyskytovat i v rámci jedince u jeho různých zárodečných...
|
|
|
Karyotypová evoluce afrických linií sklípkanů čeledi Theraphosidae
Košátko, Prokop ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Nguyen, Petr (oponent)
Karyotypy pavouků infrařádu Mygalomorphae jsou poměrně málo známy. Tématem diplomové práce je základní cytogenetická analýza vybraných zástupců afrických linií mygalomorfní čeledi Theraphosidae. Jedná se o podčeledi Eumenophorinae, Harpactirinae, Ischnocolinae a Stromatopelminae. U samčích jedinců vybraných druhů těchto podčeledí byly studovány diploidní počty, chromosomová morfologie, systémy pohlavních chromosomů a chování chromosomů v pohlavní dráze. Zjištěné údaje podporují publikované výsledky, že čeleď Theraphosidae vykazuje značnou karyotypovu diverzitu. Významným trendem karyotypové evoluce terafosidů je pravděpodobně snižování diploidního počtu chromosomů. Většina analyzovaných druhů má systémy chromosomového určení pohlaví tvořené jedním až třemi chromosomy X, u některých byly nalezeny systémy neopohlavních chromosomů. U řady zástupců byly detekovány také jeden nebo dva páry nediferencovaných pohlavních chromosomů (SCP). Metodou fluorescenční in situ hybridizace byly u některých druhů detekovány nukleolární organizátory jadérka. U dvou druhů byla provedena detekce konstitutivního heterochromatinu metodou C-pruhování. Klíčová slova: diploidní počet, fluorescenční in situ hybridizace, karyotyp, konstitutivní heterochromatin, Mygalomorphae, nukleolární organizátor, pavouk, pohlavní...
|
|
|
Analýza karyotypu u sklípkanů čeledí Hexathelidae a Dipluridae
Hrubá, Barbora ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Sember, Alexandr (oponent)
Pavouci skupiny Mygalomorphae jsou z cytogenetického hlediska velmi málo probádanou skupinou. Diplomová práce je zaměřena na karyotypovou evoluci pavouků bazálních čeledí skupiny Avicularioidea, Hexathelidae a Dipluridae. U zástupců těchto čeledí je v práci sledována jak evoluce diploidních počtů chromozomů a morfologie chromozomů, tak evoluce pohlavních chromozomů. Karyotypy sklípkanů jsou velmi zajímavé svou diverzitou. Mnoho zástupců čeledí Hexathelidae a Dipluridae disponuje extrémními systémy chromozomového určení pohlaví s mnoha gonozomy X. V této práci byly analyzovány karyotypy vybraných zástupců a průběh meiotického dělení samců. Některé druhy vykazují modifikace tohoto dělení jako je achiazmatická meióza. Pomocí techniky fluorescenční hybridizace in situ byly u pavouků těchto čeledí detekovány vybrané markery. Klíčová slova: evoluce, fluorescenční hybridizace in situ, karyotyp, nukleolární organizátor jadérka, pavouk, pohlavní chromozomy
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypů u leguánů (Squamata: Iguanidae sensu lato)
Altmanová, Marie ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Symonová, Radka (oponent)
Leguáni jsou značně diverzifikovanou skupinou šupinatých plazů (Reptilia, Squamata). Ačkoliv existuje dostatek fylogenetických studií, vztahy mezi hlavními liniemi jsou stále nejasné. Z cytogenetického hlediska je skupina poměrně konzervativní a vysoká karyotypová diverzita se vyskytuje pouze u tří druhově bohatých rodů: Anolis, Liolaemus a Sceloporus. Diploidní počet se pohybuje mezi 19 a 48 chromozomy. Za ancestrální je považován karyotyp 2n=36, s 12 makrochromozomy a 24 mikrochromozomy. Tvar makrochromozomů je převážně metacentrický, vzácněji se vyskytují akrocentrické či telocentrické chromozomy. Při přestavbách patrně dominují Robertsonovské přestavby, kdy počet ramének zůstává zachován. Byla zaznamenána nejen mezidruhová, ale i mezipopulační variabilita. Určení pohlaví se zdá být pro celou skupinu genotypické (GSD). Napříč skupinou pravděpodobně došlo několikrát nezávisle k diferenciaci pohlavních chromozomů. U 75 druhů z 219 karyotypovaných byly detekovány pohlavní chromozomy typu XX/XY nebo odvozený neopohlavní typ X 1X 1X 2X 2/X 1X 2Y. U jednoho druhu se vyskytl přechod z neopohlavních chromozomů zpět k typu XX/XY. Chromozom Y vykazuje morfologickou variabilitu ve velikosti i tvaru, od mikrochromozomu až po velký metacentrický makrochromozom. Homologii pohlavních chromozomů by bylo potřeba...
|
host ::
RSS.